Veintidós años después de lo ocurrido en Jurassic Park, la isla Nublar ha sido transformada en un enorme parque temático, Jurassic Wold, con versiones «domesticadas» de algunos de los dinosaurios más conocidos. Cuando todo parece ir sobre ruedas y ser el negocio del siglo, un nuevo dinosaurio de especie desconocida, pues ha sido creado manipulando genéticamente su ADN, y que resulta ser mucho más inteligente de lo que se pensaba, se escapa de su recinto y comienza a causar estragos entre los visitantes del Parque

Después de reunirse con Gwen Stacy, Miles Morales, el amigable Spider-Man del vecindario de tiempo completo de Brooklyn, es catapultado a través del Multiverso, donde se encuentra con un equipo de Spider-People encargado de proteger su existencia. Pero cuando los héroes chocan sobre cómo manejar una nueva amenaza, Miles se enfrenta a las otras arañas y debe redefinir lo que significa ser un héroe para poder salvar a las personas que más ama.

En un universo paralelo donde Peter Parker ha muerto, un jóven de secundaria llamado Miles Morales es el nuevo Spider-Man. Sin embargo, cuando el líder mafioso Wilson Fisk (a.k.a Kingpin) construye el "Super Colisionador" trae a una versión alternativa de Peter Parker que tratará de enseñarle a Miles como ser un mejor Spider-Man. Pero no será el único Spider Man en entrar a este universo, 4 versiones alternas de Spidey aparecerán y buscarán regresar a su universo antes de que toda la realidad colapse.