El profesor de ciencias Ryland Grace se despierta en una nave espacial a años luz de casa sin recordar quién es ni cómo ha llegado hasta allí. A medida que recupera la memoria, empieza a descubrir su misión: resolver el enigma de la misteriosa sustancia que provoca la extinción del sol. Deberá recurrir a sus conocimientos científicos y a sus ideas poco ortodoxas para salvar todo lo que hay en la Tierra de la extinción... pero una amistad inesperada significa que quizá no tenga que hacerlo solo.

Después de reunirse con Gwen Stacy, Miles Morales, el amigable Spider-Man del vecindario de tiempo completo de Brooklyn, es catapultado a través del Multiverso, donde se encuentra con un equipo de Spider-People encargado de proteger su existencia. Pero cuando los héroes chocan sobre cómo manejar una nueva amenaza, Miles se enfrenta a las otras arañas y debe redefinir lo que significa ser un héroe para poder salvar a las personas que más ama.

En un universo paralelo donde Peter Parker ha muerto, un jóven de secundaria llamado Miles Morales es el nuevo Spider-Man. Sin embargo, cuando el líder mafioso Wilson Fisk (a.k.a Kingpin) construye el "Super Colisionador" trae a una versión alternativa de Peter Parker que tratará de enseñarle a Miles como ser un mejor Spider-Man. Pero no será el único Spider Man en entrar a este universo, 4 versiones alternas de Spidey aparecerán y buscarán regresar a su universo antes de que toda la realidad colapse.