Un chico de instituto que ha huido a Tokio se hace amigo de una chica que parece ser capaz de manipular el tiempo.

Corre el año 2019. Un estado policial, políticos tramposos, sectas religiosas, revolucionarios y un proyecto científico secreto se combinan para causar una atmósfera explosiva en Neo-Tokyo. Todos los grupos rivales quieren controlar a Akira, un chico conextraños poderes psíquicos que ha sido mantenido bajo custodia criogénica por más de 30 años. En medio de esta tensa atmósfera, un joven psíquico llamado Tetsuo libera a Akira.

La historia la protagoniza Kafka Hibino, un hombre de 32 años que quiere unirse a la Fuerza de Defensa y cumplir la promesa que le hizo a una amiga de la infancia, Mina Ashiro. En su trabajo como limpiador de restos de Kaiju forja amistad con un nuevo compañero, Reno Ichikawa, cuya determinación de unirse a la Fuerza de Defensa inspira a Kafka a cumplir su promesa de la infancia de unirse a Mina para proteger a la humanidad. Cuando un pequeño Kaiju se introduce en el interior de Kafka, éste adquiere una fuerza sobrehumana y poderes que le permiten luchar contra los Kaiju. Ahora se esfuerza por ganarse la confianza de sus compañeros humanos, derrotar a unos Kaiju cada vez más poderosos y proteger el mundo.